يعزز الهيكل التنظيمي لجهاز أبوظبي للمحاسبة من قدرة الجهاز على تحقيق أهدافه وتنفيذ استراتيجيته بكفاءة واقتدار من خلال اعتماد المعايير العالمية المعتمدة في المجال. ويتواءم الهيكل التنظيمي للجهاز مع التوجه الحكومي في التركيز على القطاعات الحيوية وتأمين مسارات وظيفية تساهم بتطوير الكفاءات الوطنية.